日本銀行は、政府から独立した法人とされ、公的資本と民間資本により存立する。資本金は1億円で、そのうち政府が55％の5500万円を出資し、残り45%にあたる約4500万円を政府以外の者が出資する。出資者には出資口数を証した「出資証券」が発行されるが、出資証券はジャスダック証券取引所に上場され、株券に準じて取引されている。証券コードは8301。取引の1単元は100株（便宜上の呼称。正しくは100口）。2005年（平成17年）3月末日時点における政府以外の出資者の内訳は、個人39.2%、金融機関2.7%、公共団体等0.3%、証券会社0.1%、その他法人2.7%となっている。株式会社と異なり、出資者は経営に関与することはできず、役員選任権等の共益権はない。また、自益権に相当する剰余金の配当も、払込出資金額（1株の額面金額に相当。1口あたり100円。）に対して年5分（5％）以内に制限されている。なお、売買価格は株式市場における実勢価格であり、「額面の出資金額」とは異なる。

1998年、日本銀行法の全面改正によって、「国家経済総力の適切なる発揮を図るため国家の政策に即し通貨の調節、金融の調節及び信用制度の保持育成に任ずる」、「専ら国家目的の達成を使命として運営せらしむる」機関として位置づけられていた旧法制定当時（太平洋戦争下）の国家総動員・戦時立法色を払拭して、日本ひいては国民経済の発展のために資するための機関と位置づけられて、政府からのその独立性が明確とされた一方で、円で生活している国民の危惧を排せるような、金融政策の透明化が不可欠のものとして求められるようになった。

通常業務

1. 　商業手形 その他の 手形 の割引。
2. 　手形、 国債 その他の 有価証券 を担保とする貸付け。
3. 　商業手形その他の手形（日本銀行の振出しに係るものを含む。）又は国債その他の債券　の売買。
4. 　金銭を担保とする国債その他の債券の貸借。
5. 　預金契約に基づいて行う預金の受入れ。
6. 　内国為替取引。
7. 　有価証券その他の財産権に係る証券又は証書の保護預り。
8. 　地金銀の売買その他前各号の業務に付随する業務。